Si, muchas.
Ambas razas nos perros nórdicos de tiro, pero tiene diferencias físicas, al igual que diferentes orígenes.

Cada raza tiene diferencias especificas en las ojeras, pelo, cola.
El Malamute es un perro más pesado, criado para recorrer largas distancias con mucho peso. El husky siberiano es un perro más pequeño, criado para se más ágil y veloz.

Para saber más sobre este tema, consulte el siguiente documento:

Diferencias el Alaska Malamute y el Husky Siberiano